Несмотря на то, что программа "Доступное и комфортное жилье" поддерживается государством, воспользоваться ей могут далеко не все, кто должен. Так, по подсчетам счетной палаты РФ, в 2006-2007 годах на выдаче субсидий была "сэкономлена" треть предоставляемых из федерального бюджета средств. На реализацию программы было потрачено 75,2 миллиарда рублей, при том, что выделялась гораздо большая сумма. По сообщению пресс-службы счетной палаты, это произошло из-за того, что 25% молодых семей, чье участие в программе было запланировано, не смогли получить субсидии, "что, в конечном итоге привело к сокращению количества участников и невыполнению установленных показателей". Также, несмотря на то, что в целом по стране строительство нового жилья увеличивается, многие регионы, по-прежнему, не имеют развитой строительной базы.